本发明公开了一种基于GPU的Paillier同态加解密计算方法，应用于GPU设备端，包括：根据CPU设备端发送的密码参数、滑动窗口参数和第一部分预计算表，通过多个GPU线程并行生成第二部分预计算表，并根据第二部分预计算表和第一部分预计算表，得到全局预计算表；根据全局预计算表、待加密消息和同态加密参数，通过多个GPU线程并行生成第一密文消息，并将第一密文消息发送至CPU设备端；根据CPU设备端发送的待解密消息和解密参数，通过多个GPU线程并行生成明文消息，并将明文消息发送至CPU设备端；根据CPU设备端发送的第二密文消息和第三密文消息，通过多个GPU线程并行进行同态加法运算，生成第四密文消息，将第四密文消息发送至CPU设备端。