本发明公开了一种含电解水制氢负载的风光储离网微电网运行控制方法，其包括1)建立含电解水制氢负载的风光储离网微电网系统；2)对系统中的变换器、整流桥分别设计控制算法；3)通过上层控制器和底层控制器对含电解水制氢负载的风光储离网微电网系统进行运行控制，上层控制器通过通讯设备采集分布式电源功率与储能系统SoC并发送给向底层控制器发送控制基准信号，底层控制器根据上层控制器发送的控制基准信号执行系统运行控制策略。本发明解决了含电解水制氢负载的风光储离网微电网系统存在的能量优化管理、母线电压波动、电解槽控制以及储能系统SoC的保护与恢复等技术问题。