本发明公开一种低成本高效益棉田滴灌系统及其使用方法。所述棉田滴灌系统包括过滤装置和供水装置；其中，所述过滤装置根据不同水源类型采用不同类型的单一过滤装置或组合过滤装置；所述供水装置包括多级干管、支管和毛管，所述干管埋置于冻土层以下或地下80cm以下深度；支管铺设于地表；所述毛管选用单翼迷宫式滴灌带或内镶贴片式滴灌带，滴灌带运行压力3～7m，其中内镶贴片式滴灌带的滴头流道为锯齿形或S形或其它演生型，滴头流量1.8～3.2L/h；单翼迷宫式滴灌带的滴头流量为2.0～3.4L/h，滴灌带单侧长度为40～60m。应用本发明方法的示范田平均单产较对照增加8.5kg/亩，平均投入减少33.8元/亩。