本发明涉及养殖尾水处理技术领域，特别是涉及一种藻菌协同处理养殖尾水的设备，包括：水产养殖部，水产养殖部连通有排污部，排污部连通有尾水处理部，尾水处理部与水产养殖部连通；排污部包括与水产养殖部连通的排污管，排污管远离水产养殖部的一端与尾水处理部连通，排污管上设置有排污泵；尾水处理部包括第二壳体，第二壳体的底端与排污管连通，第二壳体的侧壁顶端与水产养殖部连通，第二壳体内设置有若干导流板，导流板的外侧壁上接种有微藻。本发明中微藻和养殖尾水中原有的微生物形成藻菌共生体，可同步减碳降氮除磷、对水产养殖生物影响小，无需后续沉淀装置便可使出水水质大幅度提高。