本发明提供一种高分辨率太赫兹频域扫描系统和方法，所述系统包括顺序连接的光学频率梳发生器、可编程光滤波器、光混频器和太赫兹探测器；所述光学频率梳发生器发出等频率间距的多个光信号，可编程光滤波器基于自身当前的阶数差和光学频率梳发生器的频率间距进行滤波，滤波得到两个光信号，光混频器对两个光信号进行拍频，输出太赫兹波，太赫兹探测器接收完成扫描的太赫兹波，得到对应太赫兹波频率的功率值；系统还包括控制器，控制器分别与光学频率梳发生器、可编程光滤波器和太赫兹探测器相连接；所述控制器与可编程光滤波器、光学频率梳发生器和太赫兹探测器相连接，控制阶数差、频率间距，并接收功率值。