本发明公开了一种基于虚拟数据湖的气象数据文件目录服务生成方法及系统，其中方法包括以下步骤：S1、对虚拟数据湖的节点位置进行布设；S2、管理员对异构文件系统相关信息进行配置；S3、管理员通过虚拟数据湖服务端创建对外虚拟服务目录，将多套异构文件系统中的数据聚合形成统一服务虚拟目录视图，实现数据虚拟入湖；S4、在虚拟数据湖服务端创建用户及用户所属分组，并对所属分组进行授权，授权完成后，用户获得该分组对目录的读写权限；S5、用户挂载文件目录访问客户端，用户可将虚拟数据湖服务端的虚拟文件系统中有权限目录直接作为本地存储进行读写使用。本发明能够解决目前一台存储设备已无法满足容量的需求的技术问题。