本发明公开了一种基于声驻波原理的USP激光灭活装置搅拌系统，包括线激光整形装置和声驻波驱动装置，所述线激光整形装置通过激光与所述声驻波驱动装置非接触连接，利用声驻波效应将反应容器中的微生物和生物大分子进行充分搅拌，使微生物和生物大分子随反应溶剂在驻波管中做简谐运动，USP激光以激光线的形式横向作用于驻波管，一个周期内的光束可以遍历待处理溶液，使得USP激光可以和待处理的生物大分子充分反应，并极大提高了反应效率，使用声波作为搅拌的动力，避免了传统机械搅拌对生物大分子的机械作用力，可以很好地保护微生物和生物大分子的结构免遭破坏，在灭活后仍能保持抗体的特性。