本发明提供了一种智能变电站冗余保护配置方法，包括第一套保护装置动作判断和第二套保护装置动作判断，所述第一套保护装置动作判断步骤包括判断第一套装置保护CPU是否正常，判断第一套装置启动CPU是否正常；第一套装置启动CPU是否动作，第一套装置保护CPU是否动作；所述第二套保护装置动作判断步骤包括判断第二套装置保护CPU是否正常，判断第二套装置启动CPU是否正常；第二套装置启动CPU是否动作，第二套装置保护CPU是否动作。本发明在保留原有保护启动和动作方式的同时，增加了另外一套保护启动和动作信息，使得两套保护中仅有一个启动CPU和一个保护CPU正常工作时，也能正确动作，为设备故障检修争取时间，同时提高系统可靠性和冗余度。