本发明提供一种级联型双向变流直流侧短路电流抑制系统及方法，属于电力电子控制技术领域，包括：级联型双向变流装置、隔离变压器、短路保护模块、电流检测模块；所述短路保护模块用于：a：若直流电流实时值大于或等于Ⅰ级预设直流侧短路保护值，则级联型双向变流装置以弱功率模式运行，降低双向变流装置功率单元IGBT调制度来保护功率单元；b：执行a后，若直流电流实时值仍大于或等于Ⅱ级预设直流侧短路保护值，则控制级联型双向变流装置停止运行，关闭双向变流装置的功率单元IGBT输出信号。本发明合理地选择符合短路故障情况的保护措施，避免短路电流对级联型双向变流装置功率模块中IGBT元器件的损坏。