本发明提供一种光伏并网系统、光伏换流器的子模块均衡控制方法及系统，该方法包括：采集光伏换流器各子模块电容电压，计算光伏换流器所有子模块电容电压的不均衡度；当不均衡度超过预设限值时，采集光伏换流器各相桥臂电流和光伏换流器各子模块输入电流，建立含注入环流的子模块电容电压的不均衡度表达式；以注入环流后的不均衡度最小为目标，在桥臂电流不超过额定电流的约束下，寻找最佳的注入环流的幅值和相位；计算注入环流值和环流实际值的偏差量，经PR控制环节后生成调制波调整量；将调制波调整量叠加到原调制波上，生成触发信号，根据触发信号均衡光伏换流器的子模块电容电压。通过实施本发明，降低子模块电容电压的不均衡程度。