本发明涉及一种网络通信安全控制方法和系统，所述系统包括:网络节点和用于连接网络节点的通信链路；网络节点处于相同或者不同可信等级；其中：所述网络节点用于进行数据存储和计算；网络节点具有控制状态和非控制状态；所述通过控制节点的动态设置形成基于网络边界的安全防护。本发明在安全控制时同时考虑网络节点的可信情况和连接关系的可信情况，在不改变网络物理拓扑结构的基础上，创建多层次动态拓扑结构，在充分利用网络资源的基础上保障了可信性和安全性。