本发明涉及生物技术领域，具体为一种小型自动化微流控PCR仪及其使用方法，基板侧面固定有温控固定部和涡流管固定部，温控体沿竖向卡于温控固定部内，温控体轴心处设有温控反应腔，加热棒和制冷管分别沿轴向嵌于温控体外周壁，反应管套装于温控反应腔内，反应管顶面设有进样孔和出样孔，涡流管沿竖向卡装于涡流管固定部内腔，涡流管的中部为压缩空气入口，涡流管的顶底部分别为冷气排出管和热气排出管，冷气排出管的顶端对应与制冷管的底端套接，温度传感器沿竖向套接于温控体的壁体内，温度传感器的输出端与加热棒以及压缩空气入口连接的压缩空气泵的控制器输入端分别电性连接；解决了PCR仪控温慢以及难以实现自动化进样的问题。