本发明涉及一种基于探针的数据溯源系统及其溯源方法，所述的系统包括：生产服务器：生产服务器上嵌入探针，所述的探针连接Span数据结构层，所述的Span数据结构层包括客户端发送请求单元、客户端收到响应单元、服务端收到请求单元和服务端发送响应单元；应用服务器：生产服务器上设置探针匹配单元，所述的探针匹配单元与生产服务器上的业务层链接；所述的应用服务器上探针匹配单元自动捕获所涉及的业务层及业务层上对应的SQL语句；关键字规则库：作为对SQL脚本分解，语法语义分析的前置架构；SQL智能解析单元：将探针工具采集到的SQL脚本，变换为一个描述这个SQL脚本的结构体；将前端与SQL脚本的数据表、数据字段一一映射；将SQL脚本中的关系进行串联。