本发明提供了一种针状硅灰石及其制备方法和在制备卷烟纸中的应用，涉及特种纸用填料制备技术领域。本发明将针状硅灰石原矿依次进行粗破碎、微波辐射处理和研磨，得到硅灰石粉料；将所述硅灰石粉料和水混合，将所得硅灰石浆料在微波辐射的条件下进行湿法球磨，得到球磨浆料；将所述球磨浆料与有机酸碱金属盐混合进行改性，得到所述针状硅灰石。本发明制备的硅灰石针状结构完整性好，且通过有机酸碱金属盐改性，能够进一步提高硅灰石在卷烟纸中的适应性，调节卷烟纸的性能指标。将本发明制备的针状硅灰石用于卷烟纸生产，能够显著提高卷烟纸的透气度、抗张强度、灰分、不透明度、包灰性以及阴燃速率。