本发明公开了一种磁珠分选方法、设备及存储介质，该方法包括：将空的液袋放置在磁性平台上，将包含免疫磁珠细胞的液体输入至液袋中，通过磁性平台吸附液袋液体中的免疫磁珠细胞；根据预设摆动参数控制磁性平台摆动，令被磁性平台吸附的免疫磁珠细胞均匀分布，同时令液袋中除被吸附的免疫磁珠细胞之外的其他物质悬浮在液体中；执行排废液操作，令液袋中除被吸附的免疫磁珠细胞之外的液体流入废液袋；对液袋中剩余的免疫磁珠细胞执行清洗操作；向液袋中注入重悬液并取出包含免疫磁珠细胞的液袋之后，确定磁珠分选完成。本发明中被磁性平台吸附的免疫磁珠细胞均匀分布而不会局部堆积，提升了磁场利用率，实现了高效稳定地分离收集免疫磁珠细胞。