本发明公开了一种考虑生态耗水的干旱区灌溉用水效率评价方法，包括以下步骤：S1、获取被测干旱灌区的灌区基础数据，计算灌区的灌溉水量；S2、根据灌区基础数据构建灌区分布式水循环模型，获得农田和生态系统消耗水量；S3、根据农田和生态系统消耗水量，结合各水源水量，获得农田和生态系统消耗的灌溉水量；S4、基于农田和生态系统消耗的灌溉水量，得到考虑生态耗水的灌溉用水效率指标，完成干旱区灌溉用水效率评价。本发明的方法从水循环过程入手，认识灌溉除了支撑农作物生产之外，还担负着极其重要的支撑绿洲生态的功能，具有灌溉农田效益和生态效益，在灌溉用水效率评价时同时考虑两种效益。