本发明公开了一种治疗大肠杆菌导致藏猪仔猪腹泻的组合物及其制备方法，组合物由以下重量配比的原料组成：川西小檗5～15份、华西小石积7～21份，乌樟6～18份。制备方法为将原料按比例混合，加水后提取，提取参数为：固液比1:3～1:10、提取温度55℃～75℃、提取时间70min～90min、提取次数2次～4次。本发明的组合物为纯天然成分，安全、无抗生素残留风险，对致泻大肠杆菌引起的藏猪仔猪腹泻具有非常优异的治疗效果，疗效超过了抗生素组。