本发明属于电力自动化技术领域，公开一种基于分时机会成本变化的输电容量调减补偿方法及系统；所述方法，包括：获取待补偿输电通道的实际负荷曲线；将所述实际负荷曲线转化为持续负荷曲线；根据所述持续负荷曲线计算各时刻总输电成本；根据所述持续负荷曲线计算各时段的机会成本；根据各时段的机会成本获得各时段的线路调减补偿；输出所述各时段的线路调减补偿。本发明可以测算出各时刻输电容量调减后所损失的机会成本，并以此作为容量调减补偿的依据，合理引导市场主体高效利用输电通道，提高省间特高压通道的利用率，防止不必要浪费，促进电力资源优化配置。