本公开属于电网技术领域，具体涉及一种储能系统的多目标控制方法及系统，包括：获取储能系统并网点的实时电压和实时频率；基于所获取的实时电压和实时频率构建储能系统的第一级识别指标，初步判断储能系统的运行状态；根据初步判断后的储能系统的电压和频率以及所构建的第一级识别指标，构建储能系统的安稳性指标；根据储能电站参与电网调峰、调频和调压的辅助补偿收益，计算储能系统在以不同目标运行时的经济效益，构建储能系统的经济性指标；对所构建的第一级识别指标、安稳性指标和经济性指标进行加权计算，得到储能系统的综合指标；根据所得到的综合指标确定电网对储能系统参与削峰填谷、调频和调压的实时需求，实现储能系统的多目标控制。