本发明提供用于量子通信系统的相位补偿方法、装置、介质和设备，其中，所述方法包括：获取量子通信系统的当前成码错误率；响应于量子通信系统的当前成码错误率高于目标成码错误率，基于当前成码错误率和目标成码错误率确定量子通信系统中的不等臂干涉仪的相位差的变化量；根据相位差的变化量以及设置在量子通信系统中的不等臂干涉仪的长臂上的相位调制单元的半波电压值，确定通过相位调制单元向不等臂干涉仪的长臂施加的相位调制电压的变化量，以补偿不等臂干涉仪的相位差的变化量。本发明可根据系统的成码错误率实时地对量子通信系统中的不等臂干涉仪的相位进行高精度补偿，以确保系统成码率的稳定性和可靠性。