本发明属于环保技术领域，具体涉及一种菌藻共生种植基及其制备方法和应用。本发明研制的产品包括20‑30份粘合剂黄土，15‑20份固化剂硅酸盐水泥，1‑2份功能细菌，1‑2份微藻孢子；其中，所述功能细菌选自硝化细菌、反硝化细菌、厌氧氨氧化细菌、硫氧化细菌中的一种或多种；所述微藻孢子选自鱼腥藻、聚球藻、川蔓藻中的一种或多种。制备时，包括将混合均匀后的原料上机压制成规格为长轴长：短轴长为1.5:1‑2.5:1的椭球形；将压制成型的种植基送入养护室进行养护3‑4d至表面硬结固化，得到菌藻共生种植基。应用时，包括将所述菌藻共生种植基铺设于河道，待铺设完成后，向铺设区域种植耐污沉水植物。