一种同时检测甲基化、超低频突变和片段信息的文库构建方法，该方法包括：氧化步骤，对核酸样本中5‑甲基胞嘧啶残基进行一次氧化，得到含有氧化的5‑甲基胞嘧啶残基的核酸分子；还原步骤，对氧化后的核酸不进行纯化，直接向氧化反应结束后的体系中加入还原试剂，反应得到还原产物；纯化步骤，包括使用纯化试剂纯化还原产物，得到纯化后的核酸分子，纯化试剂中含有载体试剂，载体试剂中的载体用于吸附核酸分子；杂交步骤，包括使纯化后的核酸分子与探针杂交反应，获得杂交产物。本发明的检测方法能够检测到超低频突变。