本发明公开了一种集控系统在线诊断方法及系统包括，采集计算机监控系统、振摆在线监测系统、电能量系统与变压器在线监测系统参数数据，采用皮尔逊相关值和相关系数矩阵，分析各参数之间的相关性；采用移动最小二乘法结合所述相关性，采用双向流网式网络层次网，进行正向推理和逆向推理；构建虚拟三维场景，创建三维图形驱动，进行交互式仿真诊断，动态生成关键工况报告，采用虚拟现实技术，对诊断的过程可视化调整，突破了在现实系统无法任意设置参数任意调整设备位置和状态的局限。本发明极大地提高了系统诊断的精确性，为集控系统检修决策和安全稳定运行提供了可靠依据。