本发明提供了一种欠驱动水下航行器编队控制方法及系统，所述方法包括：建立水下航行器模型；利用图论知识建立通信拓扑式，引入辅助变量构建编队控制器；计算虚拟控制律，并将结果用于控制器的设计中，计算出控制推力输入与理想姿态指令；计算输入力矩使水下航行器的姿态跟踪理想姿态指令，使得一组航行器可以实现编队航行。本发明的优势在于：利用单位四元数对姿态进行描述，提高运算效率并可以避免奇点；通过一个积分型辅助变量结合双曲正切饱和函数构建编队控制器，增加了编队集群过程中的平稳性。