本发明提供了一种水质监测数据的智能处理方法及系统，涉及水质监测评估技术领域，获取待测水域的多组历史监测数据，基于多个监测指标进行多个水域健康度评分，进行监测指标权重分布生成多个权重分布结果，获取水域健康总评分，构建多个健康评分阈值，对待测水域进行健康度检测生成水域健康偏离度，对多组历史监测数据进行标识并发送至水质管理端可视化界面，解决现有技术中进行水质监测与数据处理时，由于当前的处理方法智能度不足，导致水质监测与处理流程受外因影响，无法保障处理数据的实时有效性与数据评估准确性的技术问题，通过优化数据处理流程，分别进行单项指标评估与综合评估，在保障数据时效性的基础上有效提高数据评估准确度。