本申请公开了一种复杂环境的工程选线优化系统及方法，系统包括：多特征数据集选择模块、模型假设模块、信息素更新模块和状态转移概率模块；多特征数据集选择模块用于采集施工现场数据；模型假设模块用于根据施工现场数据获取施工现场模型；信息素更新模块用于根据施工现场模型，获取基础最优路线；状态转移概率模块用于优化基础最优路线，得到最优路线。本申请基于无人机三维地形重构技术得到三维地形数据，使用选线优化改进算法，准确表述寻找最佳路径的过程特点。利用三维成像，将上述最佳路径转化为与实际施工现场更为拟合的立体图像，加大施工现场的准确性，降低人力物力成本，提高工作效率。