本发明涉及生物信息学领域，具体为一种基于机器学习寻找影响猪脂肪沉积的候选基因的方法，主要包括以下步骤：步骤一：收集猪肌肉样本，通过FOSS机测定肌内脂肪含量，作为样本标签，根据肌内脂肪含量大小分为高低组转化为二分类处理问题；步骤二：提取样本RNA，进行mRNA建库得到测序数据；步骤三：对步骤二中的测序数据进行质控和比对处理，并标准化得到样本基因表达TPM值；步骤四：利用数据集通过交叉验证的方式进行神经网络机器学习训练；步骤五：对特征基因进行重要性排序从而确定候选基因。有益效果为，通过模型预测准确性的变化筛选影响肌内脂肪含量的重要候选基因。