本发明涉及一种电网区域性安全防御体系保护控制协调方法及系统，其包括：在电网区域性安全防御系统的PCC中搜索旁侧通路路径，进行旁侧通路路径识别，并将潮流转移因子下发至电网区域性安全防御系统中的保护装置；保护装置接收下发信息，并进行潮流转移过负荷识别及保护判定，根据识别结果进行保护装置的闭锁或跳闸；PCC根据反馈的闭锁信号形成减载地点集，并下发减载指令至电网区域性安全防御系统中相应的控制装置，实现快速减载。本发明能完成保护控制的协调配合，维持电力系统安全稳定运行。本发明能在电力系统保护控制领域中广泛应用。