本发明提供了一种智能光伏屋顶发电及应用控制系统及控制方法，包括光伏组件、清洁机器人、飞行机器人、监测单元以及主控单元，光伏组件铺设于坡面屋顶上；清洁机器人设置于光伏组件上；清洁机器人包括清洁辊以及喷淋头，清洁辊用于清洁光伏组件的表面。本发明提供的智能光伏屋顶发电及应用控制系统，利用监测单元对铺设在坡面屋顶上的光伏组件的清洁状况进行实时监测，并将监测所得到的参数信息传递给主控单元，主控单元根据预设程序判断是否需要清洁机器人进行清洁，并利用飞行机器人对光伏组件进行进一步复查，进而提高判断的准确性，保证光伏组件能够得到及时有效的清洁，便于提高光伏组件的发电效率，满足周围设备的用电需求。