本申请涉及堵塞检测领域，提供一种堵塞检测方法及装置。所述方法包括：检测第一容器与蠕动泵之间管路内的压力，得到第一压力；检测第二容器与蠕动泵之间管路内的压力，得到第二压力；根据第一压力和第二压力，确定管路内液体的流向；根据第一压力的变化趋势、第二压力的变化趋势和管路内液体的流向，确定堵塞位置。本申请实施例提供的堵塞检测方法可以通过检测蠕动泵两端的压力及其变化趋势，先确定管路内液体的流向，再判断具体的堵塞位置，即判断是第一容器堵塞还是第二容器堵塞抑或是两者都堵塞，进而可以针对性的进行清理，避免容器堵塞对细胞分离工作造成的不利影响，保证分离样本的安全。