本发明涉及废弃取水井封井回填技术，具体是一种废弃取水井封井回填用地层取芯器。本发明解决了现有隔水层定位方法定位不准确、定位成本高的问题。一种废弃取水井封井回填用地层取芯器，包括壳体、导向梁、齿条、遥控电机、取芯钻头、枢轴、行星齿轮、支撑柱、导液腔、导液管、端盖、紧固螺栓、中心管、太阳齿轮、上肋板、下肋板、橡胶套；其中，壳体为杯口朝上的圆杯状结构；壳体的侧壁下部贯通开设有四组沿周向等距排列的导向孔A；每组导向孔A均包括四个自上而下等距平行排列的导向孔A；每个导向孔A的轴线均与壳体的轴线异面垂直；壳体的侧壁上部贯通开设有四个沿周向等距排列的导液孔A。本发明适用于废弃取水井封井回填。