本发明涉及一种组织包埋机，包括固定在包埋机主体上的蜡缸，蜡缸上设置有盖板，还包括：设置在蜡缸中部的过滤除杂机构，过滤除杂机构包括滤净筒，滤净筒贯穿蜡缸的底板并将蜡缸内部分隔为预热腔和恒温腔两个腔室，预热腔内设置有搅拌碎化机构，恒温腔内设置有振荡排空机构，过滤除杂机构在对熔融的石蜡过滤除杂的同时驱动搅拌碎化机构对投入预热腔内的蜡块进行破碎并搅拌，同时还驱动振荡排空机构对恒温腔内熔融的石蜡进行排除空气，恒温腔连接输蜡管。该种组织包埋机，实现对石蜡进行三段式的阶梯加热，在对石蜡补料时不会导致石蜡液体出现受热不均，并且能够对石蜡液体进行过滤净化和排出空气，确保石蜡对生物组织的包埋质量。