本发明公开了一种基于特征代谢物的干姜产地溯源方法，本发明基于非靶向代谢组学分析技术，采用超高效液相色谱串联质谱法对不同产地干姜中的代谢物进行检测，获得不同产地干姜的整体代谢物数据，进一步应用化学计量学和机器学习算法，构建干姜产地溯源分类模型，并筛选影响不同产地干姜区分的特征代谢物，以实现干姜产地的精准溯源。本发明所述基于特征代谢物的干姜产地溯源方法，具有实验结果准确可靠、溯源模型稳定等优点，可为干姜的产地识别提供一条新的思路。