本申请提供一种基于构造分区的复杂山区深埋特长隧道的深孔布置方法，通过获取待勘察隧道所在隧址区的地质信息，建立隧址区的地质构造格架，并确定构造分区；然后基于所述构造分区，确定出n个深孔布置规划区域，从n个深孔布置规划区域中确定出兼顾各个构造分区的m个深孔布置目标区域，并在每个深孔布置目标区域内布置一个深孔。此种方式可以利用构造分区，作为布设深孔的区域（深孔布置规划区域）选择指标，能够很好地考虑到实际深埋特长隧道的情况，尽可能布设勘察效果更佳、勘察成本更低的深孔，且此种方式可以有效减少对勘察人员的经验依赖。