本申请公开了一种细菌耐药监测数据处理系统，包括：数据获取模块，验证录入者身份信息之后获取所需要上传的数据；数据处理模块，基于所获取的数据对每一条数据中的字段进行分析，以形成具有容错性的数据文件；数据分析模块，基于预设的数据过滤方案以细菌类型作为主要的关键词进行数据分析，生成数据分析报告。本发明的有益效果：数据通过系统上传，可直接在线处理数据中存在的常见问题，无需人工操作，不仅可极大提升数据处理效率，亦可方便数据收集，此功能在成员单位数量越多越有优势；采用人工智能技术，即在数据上传的同时快速进行数据处理以及数据统计分析，实现数据的实时计算效果。