本发明涉及燃料电池冷却系统，被搭载于车辆，具有：制冷剂的流路；冷却器，对冷却器流路内的上述制冷剂进行冷却；燃料电池，通过与燃料电池流路内的上述制冷剂的热交换而被冷却；发热体，通过与发热体流路内的上述制冷剂的热交换而被冷却；第1泵及第2泵，将上述燃料电池流路内的上述制冷剂和上述发热体流路内的上述制冷剂分别送出；以及控制电路。在上述车辆启动时，上述控制电路实施第1工序和第2工序，上述第1工序是在上述第2泵停止的状态下使上述第1泵工作的工序，上述第2工序是若在上述第1工序中上述燃料电池流路或者上述冷却器流路内的上述制冷剂的温度超过第1基准值则除了上述第1泵之外还使上述第2泵工作的工序。