本发明提出了一种差异化挖掘的根茎类中草药收获装置及种植方法，属于中草药种植技术领域。所述差异化挖掘的根茎类中草药收获装置，包括车架、设置在车架前端的挖掘铲、及设置在挖掘铲后方的输送分离筛，其中：挖掘铲在车架宽度方向等距设置有多个，挖掘铲的后方一一对应的设置有输送带，且输送带位于挖掘铲与输送分离筛之间，车架上设置有传动连接在动力装置上的曲轴，挖掘铲通过连杆机构与曲轴连接，使得曲轴转动时相邻两个挖掘铲呈反向摆动；相邻两个挖掘铲之间设置有前后方向呈“Y”字形的摆杆。本发明具备差异化的选择性进行挖掘、能够降低不包含药材的纯土区土壤消耗收获装置的功耗及能源并提高药土筛分效率的优点。