本发明公开了一种三维牙齿多模态数据配准方法及系统，属于三维点云和网格处理技术领域。包括获取三维牙齿信息，构建三维牙齿模型；获取牙冠信息，构建三维牙冠模型；对三维牙齿模型、三维牙冠模型进行预处理；对预处理后的三维牙齿模型和三维牙冠模型依次进行初始位姿归一化、粗配准和精配准，再对三维牙冠模型中的每个单颗牙冠模型进行二次精配准，得到刚性变换后的单颗牙冠模型；根据刚性变换后的每个单颗牙冠模型，对三维牙齿模型中的对应的单颗三维牙齿模型进行非刚性变换，获取带有高精度牙冠信息的三维牙齿模型；弥补了单类数据的局限性，获取更全面的牙齿信息；解决了现有技术中存在“无法展示牙齿的全面信息”的问题。