本发明公开一种多台区柔性互联并网方法、介质及系统，包括：获取需要柔性互联的每一台区的线损等效电阻，并采集需要柔性互联的每一台区的交流侧宽频数据，交流侧宽频数据包括：交流侧三相电压、交流侧三相电流和交流侧三相谐波电流，交流侧宽频数据具有时戳有效标识，时戳有效标识包括：同步、守时和从未同步；若每一台区的交流侧宽频数据的时戳有效标识均不为从未同步，则根据每一台区的线损等效电阻和交流侧宽频数据，计算总谐波能量占比；根据总谐波能量占比与预设安全阈值的大小关系，确定是否将每一台区柔性互联。本发明将宽频数据处理后得到可准确表征谐波污染的数据，与安全阈值比较，当存在安全隐患时阻止系统柔性互联，保护电力电子设备。