本发明公开了一种基于生物信息技术的大口黑鲈鱼的鱼苗智能检测方法，包括：获取大口黑鲈鱼的鱼苗预定数量；控制鱼苗养殖场流至统计池的水的流动时间；利用鱼苗统计装置计算出统计池内的大口黑鲈鱼的鱼苗的总数量；将鱼苗样品置入含有提取溶液的收集管，分散裂解均匀；将吸附膜浸渍于提取溶液；使用洗涤缓冲液浸洗吸附膜，将吸附膜置于洗脱液或PCR反应液中释放核酸；检测统计池内的鱼苗的活跃度。通过上述方式，本发明能够通过自动方式将鱼苗养殖场的水输送至统计池中，并进行鱼苗统计，人工成本低，通过随机抽取统计池内的多个鱼苗样品，并进行核酸获取，方便进一步进行PCR扩增等，以快速获得鱼苗样品的遗传信息，方便进行各项检测。