本发明公开了一种便于操作的基因测序仪及其操作方法，涉及基因测序仪技术领域；为了便于辅助处理试剂卡盒；包括主体，所述主体一侧设置有用于辅助摇晃试剂卡盒的摇晃机构，所述摇晃机构包括：平移架，平移架一侧外壁固定有翻转电机；连接架，连接架一侧外壁固定于翻转电机的输出端；该操作方法包括如下步骤：使用者将试剂卡盒安装于上转盘和下转盘之间；控制第一电动伸缩缸工作，利用上转盘和下转盘对试剂卡盒进行夹持固定。本发明通过设置摇晃机构，使用者能够将试剂卡盒安装于上转盘和下转盘之间，基于翻转电机的工作，带动上转盘和下转盘往复翻转，通过上转盘和下转盘带动试剂卡盒进行翻转，节省了人力，利于后续的检测处理。