本发明公开一种变压器差动保护二次回路异常识别方法，根据变压器差动保护二次回路异常时，会产生对称性差流和非对称差流的情况，通过这两种差流准确识别变压器差动保护二次回路异常的类型；通过判断变压器差流和参与差动保护各CT三相电流的方式识别变压器的当前运行状态，再采用逐个调整参与变压器差动保护的CT极性、钟点数等方式重新计算差流以匹配当前差流，从而鉴别引起对称性差流的形成类型；采用计算三相电流不对称CT的个数的方式，鉴别非对称差流的形成类型。此种方法能自动、快速、准确地识别变压器差动保护二次回路异常的形成原因，方便运维人员迅速定位和消除变压器差动保护二次回路的异常所在。