本发明公开了一种头皮微生态稳定剂及其制备方法与应用，包括以下质量份组分：水解壳多糖5‑10份、水解玉米淀粉5‑10份、季铵盐‑73 0.01‑0.035份、二裂酵母发酵产物滤液5‑10份、泛醇5‑10份、花椒果提取物5‑10份、水补足至总质量份为100份。本发明的头皮微生态稳定剂通过抑制影响头皮健康的糠秕马拉色菌的过度繁殖，促进头皮常驻菌群表皮葡萄球菌的增殖，使问题头皮的微生物菌群重新达到平衡，改善了头皮干燥、瘙痒、发红、疙瘩/丘疹、头屑和头油的问题，达到修复头皮屏障、改善头皮健康的效果。