本发明属于医学样本分拣领域，具体涉及一种医学样本智能分拣系统，用于分拣采样管，包括：排料机构；输送机构；扫码装置；分拣机构；控制器和姿态调节机构，姿态调节机构位于所述排料辊内，所述姿态调节机构被装配为能够驱动所述采样管旋转至预设姿态，以使所述采样管落入所述输送机构上时，所述采样管上的识别码能够朝向上方。本发明在排料的同时，利用采样管在排料辊内的滚动调节采样管的姿态，使所有采样管上的标签都朝向指定方向，以便于后续进行扫码操作，采样管的姿态调节是在输送过程中完成的，不需要对每个采样管进行单独抓取和旋转，提高了系统工作效率，简化了设备结构，降低了设备成本。