本申请涉及一种微生物菌剂、生物有机肥及其制备方法，通过提取CIS土壤样本中和/或CIP土壤样本中与CK土壤样本中不同的微生物菌落，得到微生物菌剂，微生物菌剂包括枯草芽孢杆菌1份至2份、解淀粉芽孢杆菌1份、假单孢菌1份至2份、哈茨木霉菌1份至2份和高山被孢霉菌1份。生物有机肥包括微生物菌剂。能够有效解决芹菜种植过程中连作问题，无需与其他作物间作或轮作，避免因间作或轮作而导致芹菜产量下降，且生物有机肥能够显著提高芹菜根际土壤肥力，试验结果表明，芹菜连作种植三年的亩产量均保持在4800Kg以上，且无下降趋势，同时，相较于现有技术中芹菜连作的方式，芹菜的亩产量提高了约20%。