本发明公开了一种用于堆芯中子通量测量系统的验证系统和方法，系统包括工控机、通讯接口模块、输入模块和输出模块；所述工控机分别与所述通讯接口模块、所述输入模块和所述输出模块通讯连接；所述通讯接口模块用于向堆芯中子通量测量系统输出模拟数据或接收所述堆芯中子通量测量系统的采集数据；所述输入模块用于接收所述堆芯中子通量测量系统的采集数据；所述输出模块用于模拟自给能中子探测器向堆芯中子通量测量系统提供SPND电流信号以对所述堆芯中子通量测量系统设备进行快速诊断和故障定位。本发明能够模拟自给能中子探测器信号，对CNFM系统设备进行快速诊断和故障定位，突破了传统通过分离仪表对各个通道进行单一测试的局限。