本发明提供了一种费托蜡加氢异构催化剂及其制备方法和应用。本申请提供的费托蜡加氢异构催化剂的制备方法包括：S1，将ZSM‑5晶种和ZSM‑23溶胶混合进行晶化处理后进行焙烧，得到Na型分子筛；S2，将Na型分子筛和铵盐溶液混合进行铵交换后进行焙烧，得到H型分子筛；S3，将H型分子筛和氧化铝粉混合成型后进行焙烧，得到催化剂载体，S4，将催化剂载体在贵金属溶液中浸渍，使得贵金属负载于催化剂载体上，再进行焙烧，得到费托蜡加氢异构催化剂。本申请提供的费托蜡加氢催化剂不仅具有较高的反应活性和异构化反应选择性，能够将费托蜡深度异构化，而且还能够将长直链正构烷烃裂化，进而有效提高润滑油基础油的浊点和产率。