本发明涉及生物医学工程技术，公开了一种集成液滴在线培养和高通量筛选功能的微流控芯片及其应用。该微流控芯片包括玻璃毛细管组件和点样器，玻璃毛细管组件包括呈两端开口状的外相毛细管和呈两端开口状的内相毛细管，内相毛细管的一端嵌套在外相毛细管的一端内，外相毛细管内设置有储液段，储液段的内径大于外相毛细管上其余段的内径，外相毛细管和内相毛细管两者的连接处与点样器的出液端密封连接，以使得点样器能够向外相毛细管内输入液体。该微流控芯片能够实现液滴原位在线培养，无需转移，具有耐有机溶剂、气密性好、易于进行表面处理、重复利用性高等优点，能够减少液滴的破损率，提高后续的分选精确性。