本发明公开了一种矿产资源采空区二氧化碳封存的系统及封存方法，该系统包括注气系统、注液系统、矿产采空区和数据调控与监测系统，注气系统可提供不同浓度二氧化碳‑空气的混合气体，注液系统提供生物酶制剂‑含钙镁溶液的混合液，二氧化碳‑空气混合气体和生物酶制剂‑含钙镁溶液的混合液分别注入矿产资源采空区进行反应，二氧化碳在生物酶化作用下发生高效水合反应，并与含钙镁溶液成矿沉积，将二氧化碳转化为无机矿物存储在矿产资源采空区，实现二氧化碳的稳定封存。通过程序化控制，精准调控采集流量、压力、温度参数，实现智能操控和可视化监测。本发明效果显著、环境友好、工艺简单。