本发明涉及一种双端差动电流故障判定方法、系统、电子设备及介质，属于继电保护领域。该方法当保护线路两侧装设的继电保护装置检测到故障发生时，采样得到本侧线路与对侧线路的5ms时窗电流数据；根据所述本侧线路与对侧线路的5ms时窗电流数据计算差动电流；对所述差动电流进行快速傅里叶变换，得到频谱分解结果；根据所述频谱分解结果确定保护线路发生区内故障还是区外故障；若发生区内故障，控制本侧继电保护装置跳闸；若发生区外故障，控制本侧继电保护装置闭锁。本发明方法能够在只需要5ms时窗电流数据的情况下极大提高运算速度，同时保证区内外故障识别的准确性和保护动作的可靠性。